Namun tiba-tiba keduanya dibawa oleh pipa misterius dan pergi berpetualang ke dunia lain.
Mario dan Luigi berpisah dalam dunia lain tersebut, sehingga Mario berusaha menemukan Luigi yang diculik oleh Raja Koopas.
Proses pencarian saudaranya ini membutuhkan waktu lama, namun Mario mendapatkan bantuan dari penduduk Kerajaan Jamur bernama Toad dan petualangan mereka dimulai.***
