Adapun urutan Ketua Utama Alkhairaat dimulai dari Habib Idrus bin Salim Aljufri. Sebelum wafat, ia menunjuk putranya, HS. Muhammad bin Idrus Aljufri sebagai Ketua Utama Alkhairaat.
Demikian pula ketika HS. Muhammad meninggal, sang putra HS. Saggaf Aljufri ditunjuk sebagai penerusnya untuk memimpin Alkhairaat sebagai Ketua Utama.***